Τα πιλοτικά καινοτόμα σχολεία αποτελούν, στην ουσία, εξειδίκευση του «νέου σχολείου» των πολλών ταχυτήτων και της ταξικής διαίρεσης, της διαφοροποίησης των προγραμμάτων, των δεξιοτήτων και της ημιμάθειας. Πάνε χέρι χέρι με την πολιτική των πληθωρικών τμημάτων των 30 μαθητών, των ελαστικών σχέσεων των εκπαιδευτικών, της αξιολόγησης, της εμπλοκής άλλων φορέων.
Με βάση και τα παραπάνω, η εφαρμογή τους έχει ήδη συναντήσει τις αντιδράσεις και συλλόγων, ΕΛΜΕ, γενικών συνελεύσεων εκπαιδευτικών και, κυρίως, συλλόγων διδασκόντων, οι οποίοι επιλέγουν τη στάση της ανυπακοής και στις εντολές για εφαρμογή της αυτοαξιολόγησης, και για δημιουργία τμημάτων με 30 μαθητές.
Πάντως, η έκταση της αντίδρασης στην εφαρμογή της πολιτικής του υπουργείου Παιδείας φαίνεται πως έχει θορυβήσει την ηγεσία του. Αυτό τουλάχιστον μαρτυρά η δήλωση της υφυπουργού Παιδείας Εύης Χριστοφιλοπούλου, που μοίρασε χθες το υπουργείο, και λέει: «Επιτέλους, οι άνθρωποι που αξιολογούν τα παιδιά μας θα σταματήσουν να φοβούνται την αξιολόγηση της σχολικής μονάδας στην οποία λειτουργούν; Επιτέλους σ' αυτή τη χώρα θα σταματήσουμε να αντιδρούμε στην κρίση και την αξιολόγηση;». Είναι φανερό ότι υπάρχουν οι δυνατότητες να ακυρωθούν τα αντιδραστικά μέτρα στην πράξη. και αυτό το κύμα αντίδρασης έχει σημασία να συναντηθεί και με τους συλλόγους γονέων, οι οποίοι θα βιώσουν τις συνέπειες των αναδιαρθρώσεων, τη στιγμή που τίποτα θετικό δεν προμηνύει το «νέο σχολείο» γι' αυτούς και τα παιδιά τους.
Οι σύλλογοι των δυο Δημοτικών στην Καισαριανή που χαρακτηρίστηκαν πιλοτικά αρνήθηκαν να μπουν στη διαδικασία. Ακόμα, ανάμεσα στα δεκάδες σχολεία που τα χαρακτήρισε το υπουργείο πιλοτικά και αρνήθηκαν να λειτουργήσουν ως τέτοια, είναι τα εξής: 12ο, 115ο, 124ο, 40ό, 58ο, 59ο, 128ο, 144ο, 162ο, 163ο Δημοτικά Σχολεία Αθηνών, 12ο Δημοτικό Κερατσινίου, 2ο Δημοτικό Ηλιούπολης, 1ο Δημοτικό Δάφνης, 40ό Δημοτικό Περιστερίου, 14ο Δημοτικό Αχαρνών, 22ο Δημοτικό Αχαρνών, 2ο Δημοτικό Θρακομακεδόνων, 2ο Δημοτικό Διονύσου, 3ο Δημοτικό Ιλίου, 2ο Δημοτικό Αγίου Παύλου στη Θεσσαλονίκη, 17ο και 24ο Δημοτικά Ιωαννίνων, 3ο και 12ο Μυτιλήνης, Δημοτικό Καλλονής, Δημοτικό Ερεσού και Δημοτικό Μολύβου, 1ο και 2ο Δημοτικό Μύρινας.
Ακόμα, ο σύλλογος διδασκόντων του 2ου Γενικού Λυκείου Καλύμνου λέει «όχι» στην «αυτοαξιολόγηση» και επίσης «όχι» στην αυτοαξιολόγηση λένε πολλοί από τους συλλόγους διδασκόντων που αρνούνται τα πιλοτικά προγράμματα και άλλοι ακόμα.